Uma série de evidências ligam as cefaléias, particularmente a enxaqueca, e os hormônios sexuais femininos, estrógeno e progesterona.
A enxaqueca na mulher é influenciada por diversas mudanças hormonais ao longo da vida, tais como, a menarca, menstruação, uso de contraceptivos orais, gravidez, puerpério, menopausa e terapia de reposição hormonal. A enxaqueca é mais freqüente, numa razão de 3:1, nas mulheres (18%) do que em homens (6%) porém, em crianças na fase pré-puberal, esta diferença não existe. As crises de enxaqueca estão ligadas ao período menstrual em 60% das vezes, e ocorrem exclusivamente neste período em 14% dos casos. Enxaquecas pré-menstruais podem também fazer parte da síndrome pré-menstrual.
A enxaqueca pode piorar na gravidez, durante o primeiro trimestre, e, embora a maioria das gestantes fiquem livres de dor de cabeça nos segundo e terceiro trimestres, 25% das mulheres não apresentam qualquer mudança nas crises durante a gravidez. A enxaqueca menstrual tipicamente melhora durante a gravidez, potencialmente por causa dos altos níveis mantidos de estrógeno.
A terapia de reposição hormonal pode exacerbar as crises de enxaqueca, assim como o uso de contraceptivos orais. A prevalência da enxaqueca diminui com a idade, mas na menopausa pode ocorrer uma piora.